A Emepa desenvolve suas atividades de Pesquisa & Desenvolvimento por meio de 11 Estações Experimentais, onde mantém equipes multidisciplinares de pesquisdadores com pessoal de apoio à pesquisa e à administração, além de equipamentos laboratoriais e de campo para a execução dos trabalhos.
(01) EE de Mangabeira - (Fruticultura - Tuberosas - Produção de mudas)
(02) EE de Abacaxi - (Fruticultura)
(03) EE de Alagoinha - (Bovinocultura)
(04) EE "João Pessoa" - (Bovinocultura de leite)
(05) EE de Lagoa Seca - (Culturas Alimentares - Apicultura)
(06) EE Pendência - (Caprino-ovinocultura)
(07) EE Benjamim Maranhão - (Caprinocultura)
(08) EE de Veludo - (Diversificação Agropecuária)
(09) EE de São Gonçalo - (Fruticultura irrigada)
(10) EE de Aparecida - (Fruticultura irrigada)